Una base de datos de libre acceso mapea las interacciones entre proteínas y lípidos para la investigación y la educación

Desde la lucha contra el cáncer y las infecciones hasta el almacenamiento de energía, las interacciones entre lípidos y proteínas son fundamentales para los procesos biológicos de las células. Pero históricamente los mecanismos que impulsan estas interacciones han sido difíciles de mapear y comprender.

Un estudio dirigido por Georgia Tech muestra un nuevo recurso para ayudar a los investigadores a comprender la estructura y función de estas interacciones (llamadas ensamblajes) tanto a nivel molecular como funcional. el trabajo es publicado en Química de las Comunicaciones.

Llamado BioDolphin, abreviatura de Biological Database of Lipid-Protein Highly Inclusive Interactions, el recurso es el primer recurso completo y comentado. base de datos de interacciones proteína-lípido. Integrado en un servidor web fácil de usarBioDolphin es de libre acceso para todos. Los usuarios pueden ver y descargar fácilmente datos de interacción y analizar sistemáticamente conjuntos de lípidos y proteínas.

«Comprender las interacciones entre lípidos y proteínas es crucial para avanzar en nuestra comprensión de la salud humana y el tratamiento de enfermedades», afirma el autor correspondiente del estudio, Andrew McShan. «BioDolphin es el primer recurso que recopila este tipo de información para todo tipo de proteínas, no solo las que se encuentran en las membranas. Y debido a que está disponible públicamente, esta información ahora está al alcance de los investigadores».

«BioDolphin como una base de datos completa de interacciones de unión entre lípidos y proteínas» está dirigida por McShan, profesor asistente en la Facultad de Química y Bioquímica de Georgia Tech, junto con el primer autor Li-Yen (Zoey) Yang, Ph.D. en Bioinformática. alumno; Profesor asistente de la Escuela de Ingeniería y Ciencias Computacionales Yunan Luo; y Kaike Ping, Ph.D. estudiante de Virginia Tech.

Profundizar en datos accesibles

BioDolphin, una base de datos seleccionada con información rica en anotaciones, contiene más de 127 000 interacciones de unión entre lípidos y proteínas. Y aunque la mayoría de las bases de datos de conjuntos de lípidos y proteínas se han centrado únicamente en un tipo específico de proteína…proteínas de membrana—BioDolphin se expande más allá de eso.

«BioDolphin nos permite definir globalmente las características estructurales de los conjuntos de lípidos y proteínas en las ocho clases diferentes de compuestos lipídicos para comprender su función celular y su papel en la enfermedad», dice McShan, y agrega que la base de datos también proporciona información sobre la anotación de pares de lípidos y proteínas. , afinidades de unión experimentales, interacciones intermolecularesy estructuras atómicas en una amplia gama de interacciones entre lípidos y proteínas, todas disponibles para cualquier persona con conexión a Internet.

Un modelo molecular para la investigación y la enseñanza

«En el pasado, esta investigación ha sido limitada porque los lípidos son notoriamente difíciles de estudiar en el laboratorio», dice McShan. «BioDolphin cambia el paradigma. Es la primera vez que alguien recopila, anota y analiza el universo estructural conocido de las interacciones lípido-proteína en todos los organismos».

Es un campo en rápido desarrollo. McShan recibió recientemente una prestigiosa subvención Curci para la investigación de vanguardia sobre el cáncer en inmunoterapias y vacunas universales basadas en lípidos.

Más allá de las aplicaciones de investigación, el equipo espera que BioDolphin sea un recurso para los estudiantes de bioquímica.

«La base de datos puede servir como herramienta para profesores y estudiantes que estudian estas interacciones proteína-lípido, que a menudo es un tema poco desarrollado en los cursos de biología y bioquímica», dice McShan. «Espero que BioDolphin sea un recurso valioso para los investigadores de hoy y que también pueda ser una piedra angular para los investigadores del mañana».